Po śmierci świętego Jana Bożego w dniu 8 marca 1550 roku w Grenadzie, jego ciało zostało złożone w kościele Matki Bożej Zwycięskiej, należącym do Zakonu Eremitów św. Franciszka z Paoli. Dnia 28 listopada 1664 roku, po przezwyciężeniu wielu trudności, relikwie Świętego Założyciela zostały uroczyście przeniesione i umieszczone w głównym ołtarzu kościoła przy szpitalu, prowadzonym przez jego duchowych synów.

Przełożony Generalny Alfonso Pardo Ortega de Jesus zainicjował budowę okazałej świątyni pod wezwaniem świętego Jana Bożego, w której spoczęły jego relikwie, w nastawie głównego ołtarza. Benedykt XV dnia 20 grudnia 1916 roku nadał temu kościołowi tytuł „Bazyliki”.