San Juan de Dios, muerto en Granada el 8 de marzo de 1550, fue sepultado en la iglesia de Santa María de la Victoria, de la Orden de San Francisco de Paula. Más tarde, el 28 de noviembre de 1664, los hermanos hospitalarios consiguieron que las reliquias del venerado Fundador fueran trasladadas a la iglesia de su hospital, en la misma ciudad de Granada, colocándolas honoríficamente, con gran júbilo, en el altar mayor.

El Superior General, Fr. Alonso de Jesús Ortega, construyó una hermosa iglesia dedicada al santo Fundador y colocó sus reliquias en el “Camarín”, sobre el altar mayor. Benedicto XV la elevó a Basílica el 20 de diciembre de 1916.